Η ΕΠΑΝΟΔΟΣ είναι διαρθρωμένη σε πέντε τομείς. Ειδικότερα, αποτελείται από:
α) τον οικονομικό – διοικητικό τομέα, στον οποίο γίνεται η διεκπεραίωση όλων των διοικητικών, λογιστικών εργασιών της ΕΠΑΝΟΔΟΥ. Επίσης στο πλαίσιο αυτού του τομέα οργάνωσης γίνεται η εποπτεία της λειτουργίας των πληροφοριακών συστημάτων και επικοινωνιών,
β) τον τομέα προγραμμάτων και κατάρτισης, στον οποίο γίνεται η εκπόνηση, η προώθηση, ο συντονισμός, η εκτέλεση, η παρακολούθηση και η αξιολόγηση προγραμμάτων που αφορούν την εκπαίδευση, την επαγγελματική κατάρτιση, την προώθηση στην απασχόληση, τη διά βίου μάθηση και την εν γένει κοινωνική επανένταξη των κρατουμένων, αποφυλακιζομένων και ανήλικων παραβατών,
γ) τον τομέα ανάπτυξης, έρευνας και αξιολόγησης, ο οποίος ασχολείται κυρίως με την εκ νέου αξιολόγηση των υλοποιηθέντων προγραμμάτων, την εκπόνηση επαναληπτικών ερευνών, τον σχεδιασμό και την υλοποίηση προγραμμάτων, την ενημέρωση και ευαισθητοποίηση του κοινωνικού συνόλου, την ενθάρρυνση ιδιωτικών φορέων μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, αλλά και εθελοντικών οργανώσεων που έχουν ανάλογο χαρακτήρα και δραστηριοποιούνται στον χώρο της μετασωφρονιστικής μέριμνας. Επίσης συνεργάζεται με τις Επιτροπές Κοινωνικής Υποστήριξης, τις Εταιρείες Προστασίας Αποφυλακιζομένων και κάθε φορέα μετασωφρονιστικής μέριμνας,
δ) τον τομέα συμβουλευτικής και ψυχοκοινωνικής υποστήριξης, στον οποίο πραγματοποιείται η υποδοχή και παρέχεται ενημέρωση για τις δράσεις του φορέα σε κάθε ενδιαφερόμενο. Επίσης στον εν λόγω τομέα υλοποιείται η οργάνωση, η εκτέλεση και η παρακολούθηση των προγραμμάτων ψυχοκοινωνικής στήριξης, νομικής συμβουλευτικής, συμβουλευτικής απασχόλησης και επιχειρηματικότητας,
ε) τον τομέα εθελοντισμού στον οποίο πραγματοποιείται η επιλογή και η εκπαίδευση των εθελοντών του φορέα σε θεωρητικό, βιωματικό και πρακτικό επίπεδο, και εν συνεχεία η συμμετοχή τους στις διάφορες δράσεις και παρεμβάσεις της ΕΠΑΝΟΔΟΥ,
Οι τομείς αυτοί, παρά το γεγονός ότι είναι σαφώς τομεοποιημένοι, λειτουργούν μεταξύ τους σε συμπληρωματική και αλληλένδετη σχέση.
